La esencia de la metodología Pensando con Hexágonos es simple. Al principio, se asemeja a un torbellino de ideas (brainstorming). Surge el rol del “facilitador” que conduce el proceso. Los participantes son invitados, por turno, a compartir cada una de sus ideas que consideran relevantes con respecto a una “pregunta focalizadora” específica. El facilitador de la reunión, es quien escribe unas pocas palabras que representan (una frase identificatoria) cada idea en un sólo hexágono, numera en forma secuencial los hexágonos, y luego lo pega sobre una superficie de trabajo para que esté visible para todos los participantes.

Cuando se han presentado las ideas de todos los participantes, el grupo arregla los hexágonos en varios grupos (clusters) de ideas que parecen relacionados entre sí.

Cada cluster contiene ideas que comparten un concepto asociativo, que los vincula entre sí. Cada concepto común se rtnasforma en la etiqueta escrita del cluster. Estas etiquetas de los cluster se transforman en "ideas síntesis" para prestarles posterior atención o bien acción. Finalmente el grupo evalúa que tan bien se alcanzó el propósito de la sesión, describe los próximos pasos, y diseña, si es apropiado , la próxima pregunta focalizadora.

El método Pensando con Hexágonos es significativamente mejor que una sesión típica de brainstormings porque: